Скважины также дестабилизируют поверхность земли и могут считаться минусом для экологически чистой деятельности.
Обогрев грунтового источника обычно считается системой отопления, не требующей технического обслуживания. Тем не менее, в случае необходимости ремонта, будет нелегко заниматься длинными трубами, проложенными под землей. Поиск точного источника проблемы может быть трудным и длительным. Это добавляет к общим затратам. Наземные системы отопления не являются полностью экологичными. Используемые хладагенты в конечном итоге попадают в атмосферу, вызывая загрязнение окружающей среды.